Als in der 2. Hälfte des 19. Jahrhunderts der Verkehr zwischen der Schweiz und anderen Ländern zunahm, kamen auch immer mehr evangelisch-lutherische Christen nach Basel. Die kleine Gruppe wurde zunächst vom lutherischen Pfarrer in Lörrach betreut. Gottesdienste fanden an wechselnden Orten statt, z.B. in einem Saal der Methodisten im Teichgässlein, aber auch in Privathäusern.
Die offizielle Gründung der Gemeinde erfolgte am 5. Februar 1893. Sie bildete von da an einen Pfarrverbund mit den lutherischen Gemeinden in Frauenfeld, Lörrach (D), St. Gallen und Zürich, die alle von einem einzigen Pfarrer mit Sitz in Zürich betreut wurden. 1967 konnte die Gemeinde einen eigenen Pfarrer anstellen. Ein Jahr später, im Februar 1968, weihte die inzwischen nach dem Krieg durch den wirtschaftlichen Aufschwung in Basel angewachsene Gemeinde ein eigenes Gemeindehaus in der Friedensgasse ein, das sie bis heute benutzt.
Der Gottesdienst wurde etliche Jahre in einem Saal des St. Alban-Klosters, dann von 1930 in der Nikolaus-Kapelle des Münsters gefeiert. Seit 1962 hat die Gemeinde die Kartäuserkirche auf dem Areal des Bürgerlichen Waisenhauses für ihre Gottesdienste am Sonntagmorgen gemietet.
2018 wurde das 125jährige Bestehen der Gemeinde mit einem grossen Fest begangen. Aus diesem Anlass ist ein Jubiläumsbüchlein entstanden, das mehr über die Entstehung, Entwicklung und aktuelle Situation der Gemeinde erzählt. Dieses kann im Sekretariat kostenlos bestellt werden.
2018 hat die Gemeinde einen Antrag auf Kantonale Anerkennung nach §133 der Verfassung des Kantons Basel-Stadt gestellt. Am 14. Januar 2021 erfolgte durch den Grossen Rat die Zustimmung. Die Ev. Luth. Kirche ist damit die fünfte Religionsgemeinschaft, der die kantonale Anerkennung zugesprochen wurde.
Die Mitglieder der Evangelisch-Lutherischen Kirche Basel und Nordwestschweiz kommen aus verschiedenen Ländern, z.B. aus Brasilien Dänemark, Deutschland, Finnland, Indonesien, Niederlande, Norwegen, Schweden, Tanzania, den U.S.A. und natürlich aus der Schweiz.